Het was niet ongewoon in het oude Egypte dat een lange succesvolle periode van heerschappij door een koning, dat die gevolgd werd door problemen met de opvolging. Zeker er zijn maar weinig koningen die net zolang of langer en succesvol hebben geregeerd als Ramses en als hij overleed dan liet hij een zoon na die zelf al behoorlijk oud was toen hij de macht kon overnemen.
Dit was Merneptah, die vrijwel zeker de vader is van Seti II.
We geloven dat een overweldiger genaamd Amenemesses waarschijnlijk regeerde of voor hem of gelijk met Seti II gedurende de beginfase van zijn regeerperiode.
Het zou Amenemesses geweest kunnen zijn die de naam Seti II verwijderd heeft uit zijn tombe en elders, maar dat was hetzelfde wat Seti II vermoedelijk deed met de naam en afbeeldingen van Amenemesses nadat hij de volledige macht in Egypte naar zich toe had getrokken.. We denken dat Seti waarschijnlijk slechts ongeveer 6 jaar heeft geregeerd

We weten wel dat Seti II in ieder geval 3 vrouwen had, overeenkomend met Takhat II, Tausret en Tiaa (Sutailja??). Tausret was klaarblijkelijk de moeder van zijn oudste zoon genaamd Seti-Merenptah, echter leefde dat kind niet lang genoeg om de troon te erven. In plaats daarvan nam Siptah, een jongere zoon de troon over, doch vermoedelijk slechts als een kind onder de hoede van Tausret's regenschap ondanks alles wordt zijn moeder beschouwd als zijnde koningin Tiaa. In feite lijkt het zo te zijn dat Tausret deze jonge koning heeft overleefd en de volledige macht naar haar toe heeft getrokken net zoals Hatsjepsoet zo’n 300 jaar eerder had gedaan. 
Seti II's regeerperiode was blijkbaar relatief vredevol. We hebben geen bewijs van buitendse politiek gedurende zijn regering, ofschoon er vermoedelijk aktiviteiten waren bij de mijnen rondom Serabit El-Khadim in de Sinai.
Hij claimt een aantal bouwprojecten, ofschoon er weinig aanwijzingen zijn dat zijn woorden vertaald kunnen worden in fysieke volbrenging. We vinden overlevende sporen van zijn werk te Hermopolis, waar hij blijkbaar enige decoraties afmaakte in zijn grootvaders, Ramses II, tempel.
Hij  heeft ook enig werk verricht in Karnak, waar hij vermoedelijk verantwoordelijk was voor een nieuw gedeelte van het eerste hof  van de tempel van Amon-Ra en vermoedelijk heeft hij ook nog enig werk afgemaakt in de tempel van Moet.