Hij kreeg een zoon: Seti-Merenptah. Deze zoon zou later in de geschiedenis de troon bestijgen als opvolger van Amenmesses, zoon van Merenptah en Takhat, onder de naam Seti II.
Het is niet onwaarschijnlijk dat Amenmesses de troon besteeg bij het overlijden van zijn vader door gebruik te maken van de afwezigheid van Seti-Merenptah.
Er is vrijwel niets bekend over de jonge jaren van Merenptah. Pas vanaf het veertigste regeringsjaar van Ramses II komt daar verandering in. Hoewel hij ongeveer twaalf jaar kroonprins was voorafgaande aan de dood van Ramses wordt in het veertigste regeringsjaar bekend gemaakt dat Merenptah generaal van het Leger wordt.
Het mag niet verrassend heten dat we waarschijnlijk daarom vrijwel alles wat we weten militaire activiteiten van Merenptah betreffen.
In het 55ste jaar van Ramses II, als Ramses II zijn 80ste verjaardag viert, wordt Merenptah officieel kroonprins op respectabele leeftijd van 48 jaar. In de praktijk denkt men dat Merenptah in de laatste jaren van Ramses II de touwtjes al stevig in handen had.
Merenptah had een aantal militaire problemen te verhelpen. Zo was een opstand in Syrië die door een 'bliksemactie' snel de kop ingedrukt werd. Aan de westelijke grens had hij een probleem met de Libiërs en hij had zijn handen vol aan de Zeevolkeren die de Delta in het Noorden langzaam maar zeker in handen leken te krijgen. Echter door snel het leger te mobiliseren en nog sneller te handelen wist hij de opstand de kop in de te drukken.
Vele van zijn vijanden overleefden deze acties niet. In het zuiden waren de Nubiërs door de Libiërs aangezet om ook in opstand te komen tegen de Egyptenaren maar ook zij werden een kopje kleiner gemaakt door de snelle en effectieve manier van handelen van Merenptah.
Hoewel deze opstanden anders doen vermoeden wilde Merenpath de vreedzame relaties tot andere volkeren aanhouden.
De Hettietenkoning in Syrië kon een inval verwachten uit het noorden en zag dat zijn volk leed onder een enorme hongersnood. Onder de condities van het verdrag van zijn vader Ramses II besloot Merenptah te helpen na een hulpkreet. Hij stuurde schepen afgeladen met graan naar Syrië.
Nog een interessant aspect van het koningsschap van Merenptah is het feit dat hij het administratieve hart van Egypte verplaatste van de door zijn vader gestichte stad Piramesse terug naar Memphis, alwaar hij een koninklijk paleis liet bouwen naast de tempel van Ptah. In het oude Thebe liet hij een dodentempel verschijnen, gemaakt van de stenen van de oude dodentempel van Amenhotep III. Daarnaast bouwde hij in Abydos en Dendera en liet hij verscheidene inscripties en beeldhouwwerken achter door het gehele land.
Merenptah kwam na zijn overlijden (ongeveer 1202 v.C.) te liggen in tombe KV 8 in de Vallei van de Koningen op de westoever van Luxor, het vroegere Thebe. Zijn mummies werd echter niet gevonden in deze tombe.
In 1898 werd zijn lichaam gevonden met 18 anderen in het graf van Amenhotep II (KV 35).

K - Grafkamer met sarcofaag
(muren versierd met scenes uit het boek der poorten en het boek der holen; astronomisch plafond)

J – Lagere gang
("openen van de mond" ceremonie)

I – Voorkamer, met afgedankte sarcofaag, deksel tegen de muur (scenes uit het boek der doden)

H– Lagere gang
("openen van de mond" ceremonie)

Ga – Nisachtige kamer (gewijd aan Ramses II)

G - Zijkamer (diverse godheden)

F – Eerste hal met pilaren (Osiris heiligdom, scenes uit het Boek der poorten en afbeeldingen van de koning voor diverse godheden)

E - Putschacht (scenes uit het boek Amduat en afbeeldingen van diverse godheden)

D – 3de gang
(scenes uit het boek Amduat)

C – 2de gang
(scenes uit de litanie van Ra)

B – 1ste gang
(Afbeelding van de koning voor Re-Horachty en scenes van de litanie van Ra)

A - Entree
(Afbeeldingen van diverse aspecten van de zonnegod geflankeerd door Isis en Nephtys)